県指定史跡は貝塚、古墳、都城跡、城跡、社寺跡、関跡などの遺跡で、歴史または学術上価値の高い場所です。県指定名勝は庭園、橋梁、渓流、海浜、山岳など芸術的または観賞上価値の高い場所です。
佐世保市木原町
佐世保市吉井町直谷
佐世保市下本山町
佐世保市松瀬町
南島原市西有家町里坊
南島原市口之津町丙
南島原市口之津町甲
南島原市加津佐町己
南島原市北有馬町戊
南島原市北有馬町丙
南島原市加津佐町乙
雲仙市小浜町飛子
雲仙市小浜町木場
雲仙市国見町多比良
平戸市川内町
南島原市有家町山川
南島原市有家町中須川
南島原市有家町小川
南島原市有家町尾上
松浦市今福町東免
平戸市鏡川町
平戸市山中町
平戸市田平町岳崎免
平戸市岩の上町
平戸市野子町
平戸市田平町里免
平戸市生月町壱部浦
北松浦郡小値賀町黒島郷
平戸市田平町小手田免
北松浦郡佐々町鴨川免
東彼杵郡波佐見町野々川郷
東彼杵郡波佐見町永尾郷
東彼杵郡東彼杵町宿郷
東彼杵郡川棚町下組郷
五島市江川町
五島市岐宿町寄神
南松浦郡新上五島町日島郷
五島市富江町岳郷
五島市向町
対馬市上県町越高
五島市池田町
壱岐市勝本町新城東触
対馬市美津島町大字雞知字濱田原陰
壱岐市芦辺町箱崎大左右触
壱岐市郷ノ浦町本村触
対馬市厳原町久田
壱岐市芦辺町深江栄触
対馬市峰町佐賀円通寺
対馬市美津島町雞知字濱ノ原陽甲
壱岐市芦辺町国分本村触
島原市城内
東彼杵郡波佐見町村木郷
南島原市布津町乙
北松浦郡佐々町松瀬免
西海市大瀬戸町松島外郷
佐世保市針尾中町・針尾東町
佐世保市江迎町長坂
佐世保市宇久町平
長崎市鳴滝町
長崎市西坂町
西海市西海町横瀬郷
西彼杵郡長与町丸田郷
西彼杵郡時津町浜田郷字
長崎市西山町
西海市西海町中浦南郷
長崎市西出津町(救助院跡・いわし網工場跡)
長崎市国分町
諫早市小長井町小川原浦
長崎市夫婦川町春徳寺(セミナリヨ及びコレジヨを含む)
諫早市富川町
大村市玖島
諫早市多良見町佐瀬
諫早市湯野尾町
西海市大瀬戸町多以良郷
長崎市鍛冶屋町
西海市西彼町平原郷
大村市今富町
諫早市西小路町
長崎市小ヶ倉
長崎市寺町
長崎市出島町
長崎市寄合町・丸山町
長崎市現川町(田中宗悦の墓石一基 窯観音一基)
雲仙市南串山町甲
南島原市南有馬町甲
島原市山寺町
長崎市平間町霊源院